穢れの定義は、時代、宗教、世相によって変わっていますが、結論から言うと生理中でも神社の参拝はOKです。
神道での穢れの定義
神道で不潔・不浄、死、血がケガレとされています。
ちなみに、穢れは気枯れとも書きます。
不潔・不浄
物質的な汚れではなく、内面・精神面の汚れのことを指し、禊によって清めることができます。
死
死者そのもが不浄なものではなく、死という出来事が穢れとされています。
人は死ぬと自分で生きる力(生命力)が完全に無くなるので気が枯れてしまいます。
また、身内の死に接すると人は悲しみと動揺で元気が無くなります。普段通り(正常=清浄)ではなくなるので、気枯れとなります。
血
血そのものではなく、出血が原因で起こる状態が穢れとされています。
昔は生理や出産が穢れとされていた時代がありましたが、出血や痛みで体力が消耗し、正常(清浄)な状態ではなくなるというのも理由の一つだと思います。
参考 神社のススメ
補足
穢れという概念は、奈良時代後期または平安時代に日本に入ってきたと言われています。
死、出産、血液などが穢れているとする考えは元々ヒンドゥー教のもので、仏教にもこの思想が流入し、平安仏教により全国へ広まったと考えられています。
ただし、日本の仏教では死を穢れとしていません。
あとがき
穢れは外的要因により心と身体の元気が無くなることです。
神社には「生理中の女性お断り」という看板はありませんので、生理中であっても遠慮なく参拝できます。
ただし、生理痛などで調子が悪いときは、無理して行かない方がいいですね。